Tak trochu prekvapujúcim súperom Stonera bol Dani Pedrosa na Honde. Španielsky reprezentant sa po nevydarenom úvodnom tréningu spamätal a v určitých fázach hodinovky sa dokonca nachádzal na priebežne vedúcej pozícii. Jeho strata na Stonera bola nízka, šlo len o 1 desatinu sekundy.
Valentino Rossi, súčasný líder majstrovstiev obsadil tretiu priečku.
Štvrté až siedme miesto od seba delili len 3 desatiny sekundy, na čele tejto skupinky sa nachádzal Andrea Dovizioso. Nasledovali Capirossi, ktorý podobne ako Pedrosa urobil veľký krok napred, Sylvain Guintoli a víťaz dnešného 1. meraného tréningu Nicky Hayden.
Na osychajúcej trati sme sa dočkali niekoľkých významných vylepšení, ale našlo sa aj zopár jazdcov, ktorí sa oproti úvodnému tréningu prepadli. Shinya Nakano, 6. muž z rána klesol na konečné 11. miesto, výrazne si pohoršili aj Vermeulen a Anthony West.
Výsledky:
1. Casey Stoner, Ducati (B) 1'48.121
2. Dani Pedrosa, Honda (B) 1'48.194 + 0.073
3. Valentino Rossi, Yamaha (B) 1'48.510 + 0.389
4. Andrea Dovizioso, Honda (M) 1'48.770 + 0.649
5. Loris Capirossi, Suzuki (B) 1'48.779 + 0.658
6. Sylvain Guintoli, Ducati (B) 1'48.794 + 0.673
7. Nicky Hayden, Honda (M) 1'48.800 + 0.679
8. Marco Melandri, Ducati (B) 1'48.945 + 0.824
9. Toni Elias, Ducati (B) 1'48.974 + 0.853
10. Randy De Puniet, Honda (M) 1'49.149 + 1.028
11. Shinya Nakano, Honda (B) 1'49.190 + 1.069
12. John Hopkins, Kawasaki (B) 1'49.197 + 1.076
13. Colin Edwards, Yamaha (M) 1'49.344 + 1.223
14. James Toseland, Yamaha (M) 1'49.424 + 1.303
15. Jorge Lorenzo, Yamaha (M) 1'49.505 + 1.384
16. Chris Vermeulen, Suzuki (B) 1'49.664 + 1.543
17. Anthony West, Kawasaki (B) 1'50.131 + 2.010
18. Alex De Angelis, Honda (B) 1'50.158 + 2.037
19. Kousuke Akiyoshi, Suzuki (B) 1'50.879 + 2.758
