Pedrosa si však na potvrzení svého vítězství musel počkat dlouhé minuty v boxech. Závod byl totiž přerušen červenými vlajkami ve 13. kole, protože tratí se valily potoky vody a déšť sílil.
Vedení závodu nejdřív v duchu pravidel nemínilo uznat 13 kol z 20 za plnohodnotný závod a plánovalo restart, nakonec ale uznalo, že počasí nad Sepangem se jen těžko umoudří, a udělilo plné body.
Třetí dojel Australan Casey Stoner, čtvrtý Američan Nicky Hayden a pátý Ital Valentino Rossi, který startoval až jako jedenáctý, v průběhu jednoho kola se ale dostal dopředu. Karel Abraham na ducati obsadil 10. místo.
Závod, který byl od začátku vedený jako "mokrý", poznamenala série pádů. Těžkou havárii měli Ben Spies, který si poranil rameno, Cal Crutchlow, Randy de Puniet nebo Stephan Bradl. K havárii neměl daleko ani Jorge Lorenzo, když pádu zabránil až na poslední chvíli. Krátce nato zavlály nad tratí červené vlajky.
Zatímco jury řešila restart závodu, déšť ještě zesílil, takže vítězství nakonec přece jen připadlo Pedrosovi, který jezdil v čele od poloviny závodu. Jezdec hondy se nyní přiblížil dosavadnímu suverénovi sezony Lorenzovi na pouhých 23 bodů, a do konce šampionátu zbývají jen dva závody.
Velká cena Malajsie - MotoGP: 1. Pedrosa (Šp./honda) 29:29,049, 2. Lorenzo (Šp./yamaha) +3,774, 3. Stoner (USA/honda) +7,144, … 10. ABRAHAM (ČR/ducati) +57,662.
Pořadí MS: 1. Lorenzo (Šp./yamaha) 330, 2. Pedrosa (Šp./honda) 307, 3. Dovizioso (It.) 195, ... 14. ABRAHAM (ČR/ducati) 43.